משנת 2004 החלה הרשות לנהל את מתחם נמל יפו במסגרת שיפוץ ופיתוח של נמל יפו על מנת להפוך אותו לאזור בילוי ופנאי. בהמשך לתהליך השיפוץ, ניהלה הרשות את השטחים המסחריים והציבוריים בנמל יפו באמצעות מנהלת נמל, לרבות שיווק, תפעול ותחזוקת המתחם, וקידום אירועים ופעילויות שונות .
בתחילת שנת 2018 הועבר ניהול המתחם לחברת אתרים.